每一位做试管婴儿的患者在胚胎移植后都会做血βHCG和阴道B超的动态监测，可发现极早期的流产，包括生化妊娠流产和临床妊娠流产，而正常人群流产率一般只统计临床流产，正因如此使得试管婴儿的流产率较高。
不孕患者生育的年龄较大
年龄也是已知引起流产率增加的重要因素之一，做试管婴儿治疗的患者怀孕的年龄比自然受孕者平均大5岁。随着女性年龄的增长，卵细胞的数量减少、质量下降，胎儿染色体异常的发生率升高，可能是流产率升高的原因。不孕的基础病因
做试管婴儿的夫妇多合并一些基础疾病，包括染色体异常、生殖道畸形、内分泌失调、免疫缺陷等，而这些疾病的本身就与高流产率有关。
据报道，生殖道畸形占反复性流产病因的15%;宫腔粘连也是酿成反复流产的原因，发生率达40%;而内分泌异常，如多囊卵巢综合症(PCOS)、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、以及I型糖尿病等，可能会引起排卵的内分泌紊乱，招致黄体功能不足，引发流产。有学者对300例复发性流产妇女的不孕因素进行统计，约有8.3～10%的流产者患有PCOS，于是对这部分人群在试管婴儿治疗后更应关注自然流产的发生。试管婴儿的某些“非自然”过程
试管婴儿周期中促排卵被认为与流产密切相关，一项研究提示促排卵药物剂量增大时，体外培养获得的优质胚胎数量减少，可能是因为非生理水平的激素环境使卵细胞染色体分离错误增加，使流产率增高。
促排卵药物催生的高激素环境还可能影响子宫内膜的容受性，伴有胚胎种植窗改变和移动，因果关系下不能持续妊娠。